Un año después de los sucesos acaecidos en la película Stargate­ (ver entrada propia) el Comando Stargate, a cargo de la Fuerza Aérea de los Estados Unidos —United States Air Force, U. S. A. F.—, que ha estado en stand-by desde entonces, debe ponerse nuevamente en funcionamiento tras la inesperada irrupción de un misterioso personaje y su séquito en la cámara subterránea en el Complejo de la Montaña Cheyenne en la que el gobierno estadounidense conserva la Puerta, todos ellos portando extrañas armaduras y cascos con forma de serpiente. A los soldados que custodiaban la sala les pilla el asunto bastante desprevenidos, incluida la única mujer del grupo, que además tuvo la mala suerte de ser demasiado curiosa y haberse acercado mucho al artefacto activado antes de ver qué o quién va a asomar la cabeza por el horizonte de sucesos y que tras el obligatorio intercambio de tiros acaba en manos de Teal´c, que es el que está al mando de los guardias del misterioso personaje: Apofis —Apophis—. El General al cargo del Complejo, George Hammond que antes de que los enemigos vuelvan a cruzar el Stargate —que previamente no habían vuelto a activar— contempla estupefacto cómo los ojos de Apophis brillan, cuando ambos cruzan sus miradas, desafiante el alienígena, anonadado el humano.

El problema, aparte de las muertes y del secuestro de la soldado, es que de repente se descubre que el artefacto que el gobierno creía absolutamente fuera de servicio debido a que la puerta de destino había sido destruida por una bomba nuclear, tal y como rezan los informes, no sólo funciona perfectamente sino que además permite que poderosos enemigos aparezcan en el patio de casa, por así decirlo. Mal asunto. Así que lo primero que hacen es llamar a los miembros supervivientes de la expedición original para preguntarles si tienen alguna idea de qué ha podido pasar. ¿Recordáis el famoso dicho de se coje antes a un mentiroso que a un cojo? Pues eso.

Al mando de la expedición original al planeta Abydos estaba el Coronel Jonathan Jack O´Neill oficial con pasado turbulento y retirado desde su regreso de la citada misión. Hammond le enseña el cuerpo de uno de los alienígenas muertos en el tiroteo en la sala de la Puerta y una de las armas que portaban y que O´Neill, por descontado, sabe utilizar. El General le pregunta si Ra no estaba muerto y el Coronel contesta que, salvo que pudiera sobrevivir una explosión de una cabeza nuclear táctica en la cara, debería estarlo. Tras observar cómo Hammond pretende enviar una segunda cabeza nuclear todavía más potente que la anterior para terminar con el riesgo evidente que supone la Puerta en Abydos, el Coronel no tarda mucho en reconocer que el informe de la misión no era del todo exacto, y que la verdad es que lo que había destruido la bomba había sido la nave espacial de Ra, con el villano y los suyos dentro —faltaría más—, cuando ésta estaba ya en órbita planetaria, en lugar del Stargate en la pirámide de Abydos. Además, informa que el Doctor Daniel Jackson, que está vivo y vive con los locales (entre los que se encuentra su esposa Sha´re) sepultó —o tendría que haber sepultado...— la puerta para evitar su utilización después de que él y los suyos regresasen por ella. Reprimendas aparte y tras valorar la situación (por lo menos 5.000 personas viven en las cercanías de la puerta y serían víctimas de la detonación nuclear...) Hammond obliga a O´Neill volver al servicio activo y lo coloca el mando de un nuevo equipo que deberá viajar una vez más a Abydos para buscar respuestas rápidas y concisas sobre a qué o quién se enfrentan en esta ocasión. Entre los miembros del equipo se encuentran Kawalsky y Ferreti, miembros de la expedición original a los que Hammond también quiso interrogar tras el ataque y que ahora se unen al Coronel en esta nueva misión. También los acompañará la Capitan Samantha Sam Carter, astrofísica teórica y la mayor autoridad en todo lo referente al funcionamiento técnico del Stargate, a pesar de las reticencias iniciales de O´Neill.

Pero como no podía ser de otra manera, las cosas no siempre son tan sencillas... Al llegar a Abydos, O´Neill y los suyos encuentran a Jackson y su nueva familia abydosiana (entre los que se encuentra Skaara, un adolescente que guarda un gran respeto y admiración por el Coronel y que a éste le recuerda un poco a su hijo fallecido) y poco después de explicarle al joven doctor qué les trae por el barrio, con la consecuente sorpresa y perplejidad por parte del arqueólogo, éste y Carter se sumergen en la discusión sobre la posibilidad de que se puede usar la puerta para viajar a otros lugares, aparte de entre la Tierra y Abydos, y Jackson les guía hacia el lugar donde ha descubierto algo de suma importancia: una sala oculta en las cercanías de la pirámide en la que se encuentra un mural lleno de escrituras egipcias y que no es otra cosa que un mapa repleto de direcciones para el Stargate. A partir de entonces, los acontecimientos se suceden vertiginosamente.

Los soldados que guardan la sala del Stargate informan por radio de que Apofis y sus Guardas Serpiente, con Teal´c a la cabeza, han aparecido en la pirámide a través de la Puerta. O´Neill y los suyos salen corriendo para ayudar pero llegan demasiado tarde: tras un nuevo intercambio de fuego entre las tropas terrestres —ayudados por los abydosianos— y las huestes enemigas, éstas logran capturar a Sha´re y Skaara, para los que Apofis tiene oscuros planes. La única forma de perseguirlos es intentar salvar la vida de Ferreti, que es el único que pudo observar la combinación de símbolos empleada por los villanos para abrir la puerta y así perseguirlos e intentar el rescate de la esposa de Jackson y del abydosiano preferido del Coronel. Aunque con pegas, Jackson acepta acompañar a los militares de vuelta a la Tierra y ordena a los locales que, esta vez sí, sepulten la Puerta de manera definitiva si no vuelve en un tiempo determinado.

Más tarde, la misión de rescate no sale según lo planeado. El equipo de O´Neill acaba capturado junto a una cierta cantidad de locales mientras, en las dependencias personales de Apofis, Sha´re es obligada a pasar por el ritual en el que recibe la larva Goa´uld que la convertirá en uno de ellos. Pero no todo está perdido, puesto que el malvado Goa´uld tiene su punto débil en el miembro de su guardia en el que más confianza tiene puesta: Teal´c, su Primado. El Jaffa hace tiempo que tiene un punto de vista muy distinto del de su amo y señor en lo referente al trato que los Goa´uld dispensan a sus sirvientes y soldados Jaffa, que no es otra cosa que la más pura y dura esclavitud. Cuando O´Neill percibe las dudas de Teal´c en el momento en el que a éste se le ordena ejecutar a los prisioneros, el Coronel decide jugar su última baza e intenta convencer al Jaffa de que él puede ayudar a los Jaffa a terminal con la esclavitud a la que son sometidos por los Goa´uld. Tras instantes de duda, el Jaffa cree lo que le dice el Coronel y decide exiliarse, acompañando a los humanos de la Tierra, los Tau´ri, para luchar a su lado contra los Goa´uld.

A partir de ese momento, el Comando Stargate dedicará sus esfuerzos a la exploración de nuevos planetas, con la mente puesta en diversos objetivos generales. Por un lado está el del conocimiento de nuevas razas y nuevas culturas. Por el otro tendrán la imperiosa necesidad de adquirir información referente a tecnología extraterrestre que pueda ayudar a la Tierra a defenderse de los Goa´uld. A medida que pasa el tiempo, tanto el gobierno como las autoridades militares de los Estados Unidos empiezan a impacientarse en cuanto a los resultados obtenidos en el segundo punto, llegando a cuestionar la propia existencia del Programa Stargate en diversas ocasiones. De esta manera, la batalla no tiene solamente un frente abierto contra los enemigos alienígenas, sino también en casa, en primera instancia contra miembros del propio gobierno estadounidense y posteriormente contra organizaciones terroristas y gobiernos de otros países, cuando el Programa ha de ser dado a conocer a otras potencias mundiales, aunque todavía en secreto para la población civil.

Para Daniel Jackson, sin embargo, lo principal es descubrir la manera de rescatar a su esposa Sha´re y a su amigo Skaara de las garras de Apofis. La tarea se plantea complicada, pero el espíritu de exploración y la perspectiva de realizar descubrimientos arqueológicos sin precedentes en la historia de la humanidad harán que sus ánimos no decaigan.

Los miembros del SG-1, el comando de O´Neill, punta de lanza de las operaciones del Comando Stargate, que empezará como un heterogéneo equipo de desconocidos, irán forjando con el paso del tiempo fuertes relaciones entre sí. Durante los años compartiendo aventuras, afrontando peligros, salvando al mundo en incontables ocasiones, siendo testigos de acontecimientos inimaginables hasta la fecha y haciendo contacto con numerosas razas alienígenas, los miembros del equipo desarrollarán fuertes lazos de amistad y, en ocasiones, todavía más intensos.

A lo largo de esos años se combatirá contra los malvados Goa´uld, contra la letal amenaza de los Replicantes, contra la temible ansia de poder de los Ori y contra innumerables enemigos de menor escala, pero no por ello menos mortales que los anteriores. En la dura travesía se perderán amigos y llegarán otros nuevos, se establecerán complicadas alianzas con poderosas razas y se avanzará en la comprensión de la historia de los Antiguos y su influencia en la evolución humana y en el papel que han jugado, juegan y jugarán en el devenir de la historia.