Cuando se observó por primera vez a finales del siglo XIX la célula, los primeros microscopistas hallaron unas estructuran que se asemejaban a los órganos de los organismos superiores pero no se atrevieron a llamarlos órganos y emplearon el término orgánulo celular, término que ha subsistido hasta hoy.

Ejemplos de estos orgánulos son las mitocondrias, los cloroplastos, las vacuolas, los ribosomas, el retículo endoplasmático y otras estructuras microscópicas.