Cuando a Sheridan se le nombró comandante de Babylon 5 las suspicacias fueron generalizadas, no sólo era un militar altamente condecorado, el único comandante humano que había sobrevivido al enfrentamiento con un crucero de guerra Minbari, venciéndolo y destruyéndolo, sino que su perfil como gestor era tan elevado que hacía de todos sus destinos potentes bases al servicio de la Alianza Terrestre. En realidad, Sheridan ha sido clave en la consolidación de la Liga de Mundos no Alineados que aglutina el ejército más poderoso que la galaxia ha visto nunca. Su desaparición ha afectado profundamente a los miembros de la estación.

El inicio continúa el ritmo apasionante de la tercera temporada, centrándose en la guerra contra las Sombras. El regreso de Sheridan desde el más allá, descubrirá muchos de los secretos que ocultan Sombras y Vorlons, empeñados en una guerra desde tiempos inmemoriales por el control de la galaxia y sus habitantes. Sheridan podrá así añadir a su extraordinario currículum el hecho de ser el único prisionero que ha logrado escapar de Za'ha'dum, destruyéndolo de paso, haber matado a un vorlon... y el único humano del que se tienen noticias ciertas de que haya resucitado jamás.

El final de la guerra no significa la llegada de la paz. La Alianza Terrestre atenaza con su bloqueo a la estación, poniendo en marcha todo su aparato propagandístico para desacreditar a Sheridan y sus aliados. Otro revés para la Liga es la dimisión de Garibaldi como Jefe de Seguridad, desde que regresó del espacio profundo no ha vuelto a ser el mismo y su animosidad hacia Sheridan es cada vez mayor. Los problemas de Delenn tampoco serán pequeños. En Minbar las cosas se complican cada vez más y la tensión crece hasta extremos inimaginables por la incapacidad del antiguo sistema de Castas minbari de asumir los cambios que se han producido, y los nuevos equilibrios de poder en la galaxia.

Y la guerra civil entre los humanos se convierte en una realidad dantesca.

En esta temporada apenas capítulos de relleno. La amenaza de cancelación supuso para Straczynski la necesidad de cerrar en una temporada las líneas argumentales que tenía previstas para dos, lo que por un lado dota de gran densidad dramática a esta temporada, pero por otro siembra dudas acerca del futuro de la serie.