8 de enero de 2259, el año en que la Gran Guerra sobrevino sobre todos nosotros: el comandante Sinclair ha sido designado embajador terrestre en Minbar, y el comandante John Sheridan asume el mando de BABYLON 5 (PUNTOS DE PARTIDA). Se revela el misterio de la rendición Minbari: examinando a Sinclair, descubrieron que las almas Minbari estaban RENACIENDO EN CUERPOS HUMANOS. Como ningún Minbari ha matado a otro en mil años, decidieron rendirse.

G'kar regresa a BABYLON 5 (REVELACIONES), trayendo noticias de un antiguo y terrible enemigo: una raza millones de años antigua, descrita en el sagrado Libro de G'Quan de los Narns... pero nadie le cree. Delenn emerge de la crisálida transformada en una híbrido humano-Minbari, cumpliendo la profecía de Valen. Londo (LA GEOMETRÍA DE LAS SOMBRAS) conoce a lord Refa, un noble Centauri ambicioso y sin escrúpulos, que será su contacto con la corte. También recibe una profecía de un tecnomago llamado Elric:

La situación en la Tierra empeora: una desconocida agencia del gobierno terrestre, el Buró 13, al parecer relacionado con el Cuerpo Psíquico, funciona al margen de la ley (UNA ARAÑA EN LA TELARAÑA). Y la situación galáctica toma un giro dramático (LA LLEGADA DE LAS SOMBRAS) cuando, durante una visita del Emperador Centauri, Turhan, que intentaba prevenir la amenaza de guerra, Londo pide ayuda a Morden y sus socios para destruir una colonia Narn. Estalla la guerra Narn-Centauri...

Mientras, Sheridan y los oficiales de BABYLON 5 (SOLO EN LA NOCHE) son reclutados en una conspiración de luz para derrocar al presidente Clark, relacionado con el asesinato de Santiago. Poco después (CAZADOR, PRESA) empiezan a aparecer pruebas de la culpabilidad de Clark.

Finalmente (A LA SOMBRA DE Z'HA'DUM), se nos revelan las claves del Universo BABYLON 5:

Sheridan descubre que Morden era un tripulante de la nave en que supuestamente murió la esposa de Sheridan, Anna, explorando un planeta en las fronteras del Espacio Conocido. ¿Por qué está vivo él? ¿Dónde están los demás? Cuando Sheridan acosa a Morden, Delenn y Kosh revelan al comandante la existencia de las Sombras: una raza que desde hace millones de años libra una guerra con los Primeros, un grupo de antiguas razas ahora desaparecidas, excepto una: ¡los Vorlons! En la última Guerra de las Sombras, mil años atrás, éstas fueron derrotadas por una coalición que incluía a los Minbari y los Vorlons. Pero ahora las Sombras han regresado a su mundo, Z'ha'dum, y reúnen sus fuerzas. La nave de Anna estaba explorando Z'ha'dum, sus tripulantes fueron capturados por las Sombras, y los que rehusaran servirles probablemente estén muertos.

Delenn y Kosh solicitan a Sheridan que guarde secreto y los ayude en la próxima Guerra de las Sombras. Debe liberar a Morden: si las Sombras descubren que ellos saben de su regreso, todos están en terrible peligro, porque atacarán antes de poder prepararse contra ellas. Excepto los Vorlons, los Primeros se han ido. Las razas jóvenes están solas frente a las Sombras. Sheridan acepta, pero jurando que algún día irá en busca de Anna:

Por si fuera poco, en el mismo episodio se revela que el gobierno terrestre ha creado una organización, la Guardia de la Noche, cuyo fin es acabar con los disidentes del régimen de Clark.

Los Centauri, con ayuda de las Sombras, derrotan a los Narns bombardeando su mundo con asteroides (LA LARGA BATALLA CREPUSCULAR). De nuevo los Narns son esclavos de los Centauri. La única buena noticia es la revelación de la existencia de los Rangers: un grupo de guerreros humanos y Minbari liderados por Sinclair, desde el distante Minbar, adiestrados para luchar contra las Sombras al lado de Sheridan. Draal, el custodio de la Gran Máquina, también se pone a su disposición.

La situación llega a otro punto crítico cuando los Centauri empiezan a anexionarse otros mundos, siempre con el apoyo secreto de las Sombras (LA CAÍDA DE LA NOCHE), y ante la creciente desesperación de Londo, que empieza a temer a los socios de Morden. No menos desesperado está Sheridan, que ve cómo la Tierra se alía con los Centauri. La Guardia de la Noche empieza a actuar. Al final del episodio, Kosh SALE DE SU TRAJE para salvar la vida de Sheridan: vemos que los Vorlons se aparecen como ángeles, seres de luz. Y finalmente, como guinda del pastel, una nave de las Sombras es captada por una cámara. Su existencia ya no es un secreto...