Es el año 2258 y, contra todo pronóstico, Babylon 5 lleva ya un año funcionando. Se nos presentan los personajes y elementos de la línea narrativa. Nos enteramos de que Londo y G'kar se matarán el uno al otro dentro de 20 años (algunos centauri tienen la capacidad de conocer el momento y la forma de su muerte, que se revelan en sueños proféticos). Descubrimos que el Cuerpo Psíquico (una agencia que controla a los telépatas humanos) tiene un poder en la sombra muy fuerte sobre el gobierno (GUERRA MENTAL). Se aclara parcialmente la complicación de Sinclair en la rendición minbari (Y EL CIELO SE LLENÓ DE ESTRELLAS): fue capturado, llevado a bordo del crucero, torturado y explorado telepáticamente. Luego los minbari le borraron el recuerdo de la mente, lo dejaron ir... y se rindieron. Pero lo más inquietante es que uno de sus interrogadores fue Delenn, que aparentemente es miembro del Consejo Gris.

En el episodio que da nombre a la temporada (SIGNOS Y PRESAGIOS), un hombre extraño, un tal Morden, ayuda a Londo Mollari a recuperar una valiosa reliquia histórica Centauri. Pero Londo no comprende lo caro que pagará ese favor de unos amigos que no sabe que tiene. Nadie sabe tampoco quién es este Morden y de dónde viene, excepto Delenn, que se aterra ante su presencia, y Kosh, que parece tener con él algo más que palabras... Para colmo, lady Ladira, una vidente y profetisa centauri, hace una predicción: Babylon 5 SERÁ DESTRUIDA.

Luego nos enteramos de que Epsilon 3 (el planeta que orbita Babylon 5) resulta no estar sin vida (UNA VOZ EN EL DESIERTO, PARTES 1 Y 2). Alberga la Gran Máquina, un gigantesco artefacto creado por una raza extinta. El minbari Draal, que se convierte en el nuevo custodio de la Gran Máquina, no quiere visitantes. El planeta se pertenece a sí mismo y al futuro, dice.

La predecesora de Babylon 5, Babylon 4, aparece de nuevo tan misteriosamente como desapareció (BABYLON HALLADO). Resulta que Babylon4 ha sido arrastrada a través del tiempo, para servir como base para una gran guerra entre la oscuridad y la luz. El responsable es Sinclair anciano, procedente del futuro, acompañado de (quizás) la Delenn del futuro y otras personas.

No acaba aquí la historia. Delenn recibe la oferta de ser la nueva líder minbari. Pero ella rehusa para quedarse en Babylon 5: cree que los humanos cumplen una profecía de Valen (el antiguo profeta y legislador cuyas enseñanzas dieron forma a la sociedad minbari).

Finalmente, en la Nochevieja de 2258 (CRISÁLIDA), todo estalla. El presidente Luis Santiago de la Alianza Terrestre es asesinado, y el clima político en la Tierra empeora. El enigmático Morden y sus socios ayudan secretamente a Londo destruyendo una base narn, lo que realza su prestigio en la corte centauri. G'kar se marcha repentinamente de Babylon 5. Tiene una sospecha sobre los atacantes: hay alguien más ahí fuera. Y finalmente Delenn construye un aparato que crea una crisálida, en donde ella inicia una transformación física en... ¿¿QUÉ??